南京鼓楼区的大学有：南京大学、南京师范大学、河海大学、东南大学医学院、南京医科大学、中国药科大学、南京中医药大学、南京邮电大学、南京工业大学、南京财经大学、南京审计学院、南京艺术学院、江苏省教育学院、江苏城市职业学院等。

鼓楼区是南京市高校最为密集的城区，教育资源非常发达，上述提到高校中有多所985和211大学，其中：南京大学和东南大学为985/211高校；河海大学、南京师范大学以及中国药科大学为211高校，如此数量，占据了全市重点大学的半壁江山。