自家房屋顶做防水，首先要确保基层干净、无杂物，为防水层提供稳固的基础。

接着，选择合适的防水材料，如沥青卷材或聚合物改性沥青卷材，按照由下向上的顺序铺贴，确保连接处粘贴牢固。

完成卷材铺贴后，进行加热封边，并涂刷防水涂料。

最后，在防水层上铺设保护层，以防施工损伤。整个防水过程需细致认真，确保防水效果持久可靠。