在保理交易中，甲方作为债权人将工程款的债权转让给保理公司。一旦保理交易完成，保理公司就成为债权人，有权向乙方（施工方）追讨工程款。

因此，甲方向保理公司支付工程款后，由保理公司负责追讨工程款并收回。乙方需要向保理公司进行还款，按照合同约定的还款方式和时间进行支付。保理公司可能会收取一定的手续费或利息作为其服务费用。

这样，保理交易能够使甲方可以及时获得工程款，而乙方则需要按照合同约定向保理公司进行还款。保理公司则通过收回工程款来获取收益。这种方式可以帮助甲方减少风险并提前获得资金，同时也方便了乙方的资金周转。