煤炭码头污水处理首先应采取物理和化学处理方式，如筛分、沉淀、过滤等。然后再运用生物处理技术，比如生物反应器，进一步去除污水中的氨氮、有机物等有害污染物，以达到排放标准。

对于含有高浓度污染物的污水，还可采用生物膜反应器等高强度技术进行处理。此外，对于大型煤炭码头，可以采用构造人工湿地等自然生态手段，来达到降解有害物质和改善水质的目的。