苏州农业职业技术学院的两个校区分别为相城校区和东湖校区，两者在地理位置、专业设置和校园设施等方面存在一定差异。相城校区位于苏州市相城区，主要侧重于现代农业和生物科技类专业的教学和研究，拥有先进的农业实验基地和实验室。

东湖校区则位于苏州市区，专业设置更为广泛，包括经济管理、信息技术等多个领域，同时校园环境优美，设施完善。两个校区各具特色，共同为苏州农业职业技术学院的发展贡献力量。