1、以根繁殖的瓜蒌，单从根部不容易辨别是雄株还是雌株，它的花是分雌雄的，因此多在开花后从花器上来辨别。雄花不带子房，有多个雄花簇生，成花序状，带子房的是雌花， 它带有椭圆形的子房，开放后，带有3裂的柱头。雄花开放后，内有3个雄蕊。

2、生长中的瓜蒌幼苗较难辨别雄株与雌株，待它们稍大后，可稍许看出不同。其中，雄株一般从芽眼看，皮孔椭圆或圆形，芽眼微凸，茎杆粗糙；雌株芽眼部位的皮孔细长，芽眼扁平，茎杆光滑。