神州租车沪Y牌和沪牌的主要区别在于它们的性质和用途。沪牌，即上海车牌，是上海市颁发的机动车号牌，用于标识在上海注册的车辆。而神州租车沪Y牌，是神州租车公司特有的车牌，用于标识其租赁车辆。这种车牌的存在，主要是为了便于管理和追踪车辆的使用情况，确保合法经营。因此，神州租车沪Y牌和沪牌的主要区别在于它们的归属和用途。