珠江源头水干涸的原因主要是云南地区持续的大旱。近三年来，受干旱的严重影响，出水洞的水流不断减少。同时，源头湖的正常需水量大，但其中的水一部分蒸发，一部分渗入地下，尤其在今年，情况尤为严重。这些因素共同导致了珠江源头活水形成的湖泊干涸。