夫妻股东可以通过以下方式证明财产独立：

1) 提供个人银行账户流水记录及财产来源证明；

2) 提供个人经营的企业收支情况、税务证明等；

3) 提供夫妻双方婚前协议及财产分配记录等文件；

4) 提供夫妻分居期间的居住、决策、财务等情况的证明等。

此外，夫妻股东还可以提供第三方证明，如律师事务所、会计师事务所等机构提供的书面鉴定。通过以上材料，夫妻股东可以充分证明彼此财产独立，避免财产占有纠纷。