加工中心的镗孔偏Y方向的问题，需要在机床控制系统中进行设置和调整。具体来说，可以通过在控制系统中设置工件坐标系的原点和刀具坐标系的原点位置，来实现Y方向偏移的调整。对于不同的工件和刀具，需要根据实际情况进行不同的参数设置和校对。

此外，还可以采用一些辅助装置和探测器来实现对加工中心镗孔偏Y方向的测量和校正，以确保制造出的零部件符合精度要求。