根据我国《行政机关公章管理条例》的规定，一般情况下，一个行政机关只能使用一个公章，并应当按照规定刻制和使用公章，因为公章是行政机关证明文件和行政行为的专用印章。如果公司使用了两个行政公章，则可能会被认为是超越法定权限或者无权使用公章，从而违反了行政机关公章管理的相关法律规定。

另外，不同类型的公章有着不同的使用范围和规定，如合同章、财务章等。如果公司的两个公章都是行政公章，则可能会导致混淆和滥用，从而增加公司的法律风险和管理成本。

因此，建议公司遵循国家法律法规和规章制度，严格按照相关规定使用行政公章，确保公章的真实性、合法性和安全性。如果确有特殊情况需要使用多个行政公章，应当经过合法授权和审批程序，并充分考虑其合理性与必要性。