深水井过滤系统通常采用多层过滤材料来有效去除杂质和污染物。常见材料包括石英砂，用作一级过滤层，去除悬浮颗粒、泥沙和铁锈。活性炭层吸附有机化合物、异味和氯。锰砂层去除锰和铁。离子交换树脂去除硬度离子，软化水质。此外，聚丙烯棉或陶瓷滤芯可以作为前置过滤层，去除较大的颗粒物。这些材料的结合共同确保了水质的纯净和安全性。