水产发酵菌和EM菌在发酵类型和用途上有一些区别。
水产发酵菌通常是一种特定的微生物，通过厌氧或好氧发酵过程，将水产养殖中的废弃物、残饵等有机物转化为有用的产物，如生物絮团、生物肥料等。这种发酵过程可以产生大量的微生物和有益代谢产物，有助于改善水产养殖环境、促进水生生物的生长和提高抗病能力。
而EM菌则是一种复合微生物菌群，包括乳酸菌、酵母菌、放线菌等多种有益微生物。它们通过共同发酵作用，将有机废弃物转化为有用的产物，如有机肥料、生物农药等。同时，EM菌还可以通过改善土壤质量、提高植物抗病能力等途径促进植物生长。