区别主要在于：
1. 制备方法不同：兽用活疫苗制备时，一般是将病毒或细菌培养在特定的细胞培养基中，然后将病毒或细菌分离出来，进行适当的处理后制成疫苗。而兽用灭活疫苗则是将病原体培养、提取、杀死，再制成疫苗。
2. 免疫效果不同：兽用活疫苗通过让病原体在动物体内进行自然感染，刺激机体产生抗体，从而达到防病的目的。而兽用灭活疫苗则是通过注射已经被杀死的病原体，刺激机体产生免疫应答，形成免疫保护。
3. 安全性不同：由于兽用活疫苗是实际的病原体，因此存在一定的安全风险。而兽用灭活疫苗则相对更加安全，因为其中的病原体已经被杀死，不会再引起疾病。