根据个人所得税法规定，工资薪金所得以每月收入额减除费用五千元后的余额为应纳税所得额。因此，农民工没有休息日加班加点工资拿12000元需要缴纳的税款计算如下：

应缴个人所得税 = (月收入 - 5000) * 税率

其中，月收入为12000元，税率为10%，代入公式可以得到：

应缴个人所得税 = (12000 - 5000) * 10% = 700元

因此，农民工没有休息日加班加点工资拿12000元需要缴纳700元的个人所得税。