支原体在体内被消灭主要依靠人体的免疫系统。当支原体进入人体后，免疫系统会产生特异性抗体来识别和攻击支原体。此外，巨噬细胞和自然杀伤细胞等免疫细胞也会参与到消灭支原体的过程中。