元朝时中央政府设立了澎湖巡检司。管辖澎湖和台湾地区。

巡检司是中国元明清时期县级衙门底下的基层组织。该组织于元朝首创时，通常为管辖人烟稀少地方的非常设组织，除了无行政裁量权之外，也没有常设主官管，而且没有什么军事力量。明朝依其例沿用，不过佐以行政权力。