《青天衙门秋水仙》结局是秋水仙被砍头处决，而原本被冤枉的陈玄风在审理中证明自己的清白。同时，主角陆亦可在寻找真相的过程中，得到了宝刀独孤九剑的传承，并揭开了一个大阴谋，最终成为了一代宗师。整个故事通过展现秋水仙的遭遇，揭示了古代官场的黑暗与腐败，同时也强调了正义与勇气的价值。结局悲情却充满教益，表达了对人性的深刻关怀和探索。