距离北医三院最近的地铁站是学院桥(地铁站)。

北医三院附近的地铁线路及站点有：

1.学院桥(地铁站)828米

昌平线

2.西土城(地铁站)858米

(在建)昌平线南延线;10号线;昌平线

3.牡丹园(地铁站)1.1公里

10号线;19号线

4.北太平庄(地铁站)1.8公里

(在建)12号线;19号线