目前还没有确定要拆除哪些村。

高新区灵沼的拆迁问题目前还处于规划和调研阶段，相关部门还没有公布具体要拆除哪些村庄，因此无法给出明确的答案。

灵沼地区是南京高新技术产业开发区的重点发展区域之一，目前正在进行城市更新和重建的计划。

在这个过程中，需要拆除一些老旧的村庄，以改善当地居民的居住条件和促进区域的经济发展。

然而，拆迁工作是需要经过严格的程序和评估的，需要考虑到受影响村庄的历史、文化、社会和经济情况，并进行适当的补偿和安置。