如果三轮摩托车已经两年多未进行年审，可以向当地的车辆管理所进行注销手续。需要提交车辆的所有完好证明以及车辆所有人的身份证明等材料，然后进行车辆注销。

在注销完成后，需要安全地存放车辆的所有证明文件和车辆行驶本等资料，以备日后需要使用。注销车辆后，车主也可以考虑将车辆出售或者报废。