公司给农村集体经济组织开票，通常需要**遵循国家税务总局的相关规定和流程**。具体步骤如下：

1. **确认对方资质**：需要确认农村集体经济组织是否具有合法的市场主体地位，即是否已经办理了农村集体经济组织登记证，并依法取得了法人资格。

2. **税务登记**：农村集体经济组织如果需要进行正规的税务活动，如开具或接收发票，通常需要进行税务登记。这是为了确保其在税务部门的监管之下，能够合规地开展经济活动。

3. **开具发票**：在确认农村集体经济组织具备接收发票的资格后，公司可以按照正常的开票流程，为其开具增值税发票。发票内容应包括具体的服务内容、金额等信息。

4. **记录账务**：公司在开具发票后，应妥善保管相关凭证，并在自己的财务账目中正确记录该项经济活动。

5. **纳税申报**：根据相关税法规定，公司可能需要对支付给农村集体经济组织的款项进行纳税申报。

6. **咨询专业人士**：由于农村集体经济组织的税收政策可能存在一定的地区差异和特殊性，建议在开票前咨询当地的税务部门或专业的税务顾问，以确保符合当地的税收法规和政策要求。

需要注意的是，对于农村集体经济组织的财务管理和税务问题，各地可能存在不同的实际操作标准和认识差异。因此，在开票过程中，务必要与当地税务部门保持沟通，确保所有操作符合法律法规要求。