新代系统和三菱系统程序不完全通用。尽管两种系统都是由三菱电机开发并推出，但是它们具有不同的编程语言和架构。新代系统使用GX Works3编程软件，而三菱系统则使用GX Works2或其他相关工具。因此，程序编写和调试方面存在一定的差异。此外，新代系统和三菱系统的I/O设置也有所不同，需要根据实际需求进行适配。但是，在一定程度上，两种系统还是可以进行相互转换和兼容。