海南航空飞往深圳的航班经常晚点的原因可能有多个，主要包括：

恶劣天气影响：飞机起飞和降落时的天气条件，如能见度低、雷雨区、低云等，都会影响航班的正常起飞和降落。

航空交通管制：我国空域管控严格，航空交通管制是为了避免空中“堵车”，但军事活动等可能导致民航客机延误。

机械存在故障：飞机需要经过严格的检查和维修流程，任何机械故障都可能导致航班延误。

起飞的标准不一：不同航空公司对起飞条件的标准不同，且国际航班通常享有优先权。

航班优先或插队：民航服务有优先级别之分，优先级别高的航班可能会优先起飞。

以上原因可能导致海南航空飞往深圳的航班出现晚点情况。