压载水防止生物入侵的方法主要包括预防预警、检测监测和灭活控制三个阶段。

在预防预警阶段，需要建立危险性入侵物种与潜在入侵物种快速检测的技术和方法，从源头上防范风险。

在检测监测阶段，应加强压载水检测实验室建设，优化检测技术和管理，综合判断是否存在超标风险。

在灭活控制阶段，应用物理、化学、生物、综合处理手段，使排放的压载水达到标准，从根本上防止外来物种入侵和病原传播。通过这些措施，可以有效地防止压载水导致的生物入侵问题。