腌制的臭鸭蛋发酵原理和臭豆腐类似，都是主要利用发酵环境中的微生物来进行自然发酵。臭鸭蛋主要利用了盐水中的微生物来进行发酵。

臭鸭蛋在密闭的空间内自然发酵，除了盐水中的厌氧微生物外，可能鸭蛋中的一些内生菌也在起作用。这些微生物在合适的温度下进行分解代谢，最终使鸭蛋变成具有独特风味的发酵食品。