经过测试发现，学科网app更新后原来下载的文件不会丢失，依然保存在原来的本地文件夹中。更新app只是对app本身进行更新，不会对用户的本地文件进行删除或修改。但建议在更新前备份一下重要的文件，以免出现意外情况。